故事承接第一部《超兽武装之仁者无敌》，讲述了超兽战队被冥王打入封印雪皇的元冥黑洞空间。在逆境中，他们遇到雪皇，并通过雪皇的帮助冲出黑洞。超兽战士们在穿越时空的过程中，回到了十万年前，面对他们不为己知的过去，信念逐渐崩溃。他们必须重拾信念，寻找超兽战士的真正使命。